Do współpracy przystąpili także niektórzy Ukraińcy.
3 listopada 1939 r., przed Świętem Niepodległości, przeprowadzone zostały aresztowania, głównie przedstawicieli inteligencji. Aresztowani zostali m.in. burmistrz T. Niziński, profesorowie gimnazjalni S. Gdula, W. Klimek, J. Gröger. Kolejna akcja aresztowań miała miejsce w sierpniu 1940 roku. Aresztowano m.in. ks. Czesława Brodę oraz płk. Stanisława Eustachiewicza (1883–1948, Pułk. Korp. Sąd. W.P., b. więzień polityczny Oranienburga).
15 września 1939 roku Niemcy spalili leżajską synagogę. W pierwszych dniach października 1939 r. poza linię demarkacyjnę, przebiegającą 11 km od miasta, za San, do sowieckiej strefy okupacyjnej wypędzono większość Żydów. Pozostałych 350 Żydów zamknięto w 1941 roku w getcie i wielu zamordowano w egzekucjach na leżajskim cmentarzu. 1 maja 1942 r. getto zlikwidowano, część ludności przeniesiono do obozu przejściowego w Pełkiniach oraz do obozów pracy w Rozwadowie i Radymnie, a ok. 100 osób stracono na miejscu. Przy drodze z Leżajska do Wierzawic policja niemiecka rozstrzelała podczas II wojny światowej 22 Żydów. Niektórzy mieszkańcy Leżajska pomagali w getcie Żydom pomimo grożącej za to kary śmierci.