27 kwietnia 1846 r. kapituła katedry lubelskiej wydała decyzję, która skazywała Piotra Ściegiennego na degradację (pozbawienie sakry i praw stanu duchownego) i odsądzenie od godności kapłańskiej.
W 1846 r., po długim śledztwie Piotr Ściegienny został skazany na śmierć. 7 maja 1846 r. stanął przed katem. Raport o wykonaniu wyroku informował m.in. o odesłaniu go na Syberię do ciężkich robót, co, według świadków, spotkało się z wyraźnym sprzeciwem ze strony samego skazańca. Został zesłany do kopalni w Aleksandrowsku w okręgu nerczyńskim, gdzie przybył 7 kwietnia 1847 r.
Po zmianie kary z katorgi na osiedlenie w 1855 r. zamieszkał na Syberii wschodniej. Rok później, 1 grudnia 1857 r. założył stowarzyszenie Ogół, w osiedlu kopalni gazimurskiej (okręg nerczyński), które skupiało polskich zesłańców politycznych, a jego celem było zachowanie wśród jego członków poczucia narodowego, moralności i świadczenie wzajemnej pomocy braterskiej.
W 1857 r. Piotr Ściegienny otrzymał pozwolenie na wyjazd ze wschodniej Syberii. W związku z tym w lutym 1858 r. przeprowadził się do Permu.
W 1863 r. został ukarany zesłaniem do powiatowego miasta guberni permskiej – Solikamska.
W 1868 r. Ściegienny rozpoczął starania, aby zezwolono mu na powrót do ojczyzny.