Po uwięzieniu w 1953 kard. Stefana Wyszyńskiego uczestniczył w przygotowaniu oświadczenia Episkopatu Polski mającej charakter deklaracji lojalności wobec władz PRL. W grudniu 1953 złożył razem z innymi biskupami ślubowanie wierności Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej i jej rządowi wymagane przepisami Dekretu z 9 lutego 1950 o obsadzaniu duchownych stanowisk kościelnych. De facto pozostawał głównym negocjatorem władz kościelnych w relacjach z władzami państwowymi. W kolejnych latach wykazywał się stosunkowo dużą uległością wobec władz PRL, jednak w dalszym ciągu czynił różnego rodzaju starania w obronie praw Kościoła, a od 1955 czynił to w sposób coraz odważniejszy, zaczął się także ubiegać o uwolnienie Stefana Wyszyńskiego.
Jego postawa w czasie uwięzienia Prymasa była m.in. w Watykanie oceniana krytycznie jako nadmiernie zachowawcza. Stefan Wyszyński okazał mu jednak po uwolnieniu zaufanie. W grudniu 1956 mianował go prałatem-dziekanem Kapituły Metropolitarnej, wiosną 1957 zabrał go do Rzymu na uroczystość przyjęcia kapelusza kardynalskiego, aby w ten sposób zademonstrować jedność Episkopatu Polski, w 1958 mianował wikariuszem generalnym archidiecezji warszawskiej.