Nagroda Fundacji Alfreda Jurzykowskiego 2002: Nagroda Literacka im. Władysława Reymonta 2002: Nominacja do Nagrody Literackiej Nike za Empire 2010: Nagroda Literacka m.st. Warszawy w kategorii „Warszawski twórca”
Upamiętnienie 9 listopada 2017 ulica nazwana wcześniej imieniem Bolesława Gidzińskiego, na terenie obecnej dzielnicy Włochy w Warszawie, zyskała nazwę ulicy Marka NowakowskiegoZarządzenie Zastępcze Wojewody Mazowieckiego z dnia 9 listopada 2017 r. w sprawie nadania nazwy ulicy, „Dziennik Urzędowy Województwa Mazowieckiego”, Warszawa, 10 listopada 2017 r., poz. 10143..
W 2017 Biblioteka Narodowa ustanowiła Nagrodę Literacką jego imienia.