W końcu lat 90. w Rosji i na Ukrainie opracowano kilka wariantów modernizacji transportera, polegających głównie na wzmocnieniu uzbrojenia. Nieliczne z nich wdrożono do służby. Od 2000 roku rosyjska spółka Muromtiepłowoz podczas remontów modernizuje rosyjskie MT-LB do wariantu MT-LBM 6MA z wkm 14,5 mm lub 6MB z działkiem 30 mm 2A72.
Pojazdy produkowane w Polsce były przeznaczone przede wszystkim na eksport do ZSRR, ponadto opracowano szereg własnych odmian pochodnych, w tym opartych na zmodyfikowanym podwoziu o polepszonej pływalności. Po rozpadzie ZSRR HSW pozostała z szeregiem niesprzedanych pojazdów, które udało się rozdysponować dopiero ciągu następnych kilkunastu lat. W 2000 roku 10 MT-LB Polska podarowała Litwie (przekazane w styczniu 2001). W 2002 roku Huta Stalowa Wola sprzedała 67 MT-LB do Nigerii z przeznaczeniem dla sił pokojowych (w tym 54 bojowe oraz pojazdy dowodzenia i wsparcia w tym jeden wóz ewakuacji medycznej Lotos).