Na przełomie XII i XIII wieku zakon rozpoczął budowę nowego kościoła, który po licznych przebudowach przetrwał do dziś. Jest to jeden z pierwszych kościołów w Polsce, do którego budowy użyto cegły. Joannici przed 1288 rokiem zmienili patrona kościoła na św. Jana Jerozolimskiego (Jana Chrzciciela). Jednak jeszcze przez jakiś czas (co najmniej do roku 1360) równolegle używano starego wezwania. Określenie „za murami” odnosi się do położenia poza obrębem średniowiecznych fortyfikacji miejskich. Z zakonem związane są nazwy dzielnic Poznania – Komandoria (były teren przekazanej zakonowi osady) i Malta (teren ziem nadanych joannitom jako uposażenie na utrzymanie hospicjum). Komandoria to okręg administracyjny zakonu, zaś nazwa Malta nawiązuje do tego, że w swej burzliwej historii, od XVI wieku zakon znalazł sobie siedzibę na Malcie i często jest nazywany Zakonem Maltańskim. Poznańska komandoria miała najdłuższą w Polsce historię i przetrwała do 1832 roku.