W wyniku II rozbioru Polski w 1793 miasto zostało włączone do Królestwa Prus. W wyniku zwycięskiego powstania wielkopolskiego 1806 roku w latach 1807–1815 Września wraz z całą Wielkopolską wchodziła w skład Księstwa Warszawskiego. Podczas Wiosny Ludów mieścił się tutaj obóz powstańców wielkopolskich 1848 roku. W drugiej połowie XIX w. istniało kilka zakładów przemysłowych: fabryka obuwia, fabryka powozów, betoniarnia, mleczarnia, cukrownia. Powstało również w tym okresie połączenie kolejowe Gniezno – Września – Oleśnica oraz Poznań – Września – Strzałkowo.
Międzynarodową uwagę przyciągnął strajk dzieci we Wrześni, który rozpoczął się 20 maja 1901 roku, po tym jak niemiecki nauczyciel wymierzył karę cielesną dzieciom za odmowę odpowiadania w języku niemieckim na lekcji religii. Zastrajkowało wówczas 118 uczniów i uczennic. Ich rodziców władze niemieckie ukarały więzieniem. Za przykładem dzieci wrzesińskich poszli uczniowie w innych szkołach zaboru pruskiego. W 1906 opór dzieci, podtrzymywany przez rodziców, przybrał postać powszechnego strajku. W fazie największego jego nasilenia strajkowało ok. 75 tys. dzieci w ok.