W strukturach Konferencji Episkopatu Polski pełnił funkcję delegata ds. Ruchu Światło-Życie (1999–2004), przewodniczącego Komisji ds. Misji (2001–2011), przewodniczącego Rady Ekonomicznej (2004–2009) i przewodniczącego Komisji Rewizyjnej (2009–2019). W 2004 został delegatem ds. Działalności w Polsce „Kirche in Not”, w 2006 przewodniczącym Zespołu ds. Kontaktów z Konferencją Episkopatu Niemiec, w 2016 przewodniczącym Komisji Duszpasterstwa, a w 2018 członkiem Rady Stałej. W 2010 został nominowany przez nuncjusza apostolskiego w Polsce członkiem Kościelnej Komisji Konkordatowej. 1 lipca 2005 papież Benedykt XVI mianował go członkiem Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów.
Konsekrował trzech biskupów pomocniczych tarnowskich: Stanisława Budzika (2004), Wiesława Lechowicza (2008) i Andrzeja Jeża (2009) oraz trzech biskupów pomocniczych katowickich: Marka Szkudłę (2015), Adama Wodarczyka (2015) i Grzegorza Olszowskiego (2018).