Należał do Komitetu Obywatelskiego, Ruchu Obywatelskiego Akcji Demokratycznej (1990–1991), Unii Demokratycznej (1991–1994) i Unii Wolności (1994–2000). W wyborach w 1991 bez powodzenia ubiegał się o mandat poselski z ramienia UD. W latach 90. zasiadał we władzach krajowych UD i UW. W 1993 współtworzył Międzynarodowe Centrum Rozwoju Demokracji w Krakowie, pełniąc funkcję jego prezesa do 1997. Następnie, po przekształceniu Centrum w Instytut Studiów Strategicznych, był jego dyrektorem w latach 1997–2007.

W latach 1998–1999 był doradcą pełnomocnika rządu ds. negocjacji z Unią Europejską. Od 1999 do 2000 pełnił funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Obrony Narodowej w rządzie Jerzego Buzka, odpowiedzialnego za politykę obronną i kontakty Polski z NATO. Został też wykładowcą na Uniwersytecie Jagiellońskim.

W 2001 przystąpił do Platformy Obywatelskiej, z listy której został wybrany do Sejmu IV kadencji w okręgu krakowskim. Pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Komisji Spraw Zagranicznych. Od maja do lipca 2004 był europosłem V kadencji w ramach delegacji krajowej. W 2004 został wybrany do PE VI kadencji. Należał do frakcji Europejskiej Partii Ludowej – Europejskich Demokratów. W latach 2004–2007 był przewodniczącym Delegacji do spraw stosunków z Białorusią.