Dlatego wszystkie dotychczasowe gatunki i rodzaje, wydzielone na bazie elementów konodontowych, a nie całych aparatów, są taksonami sztucznymi.

Powszechność występowania elementów konodontowych, ich duża liczebność nawet w małych próbkach z rdzeni wiertniczych, szybkie tempo rozprzestrzeniania się nowych gatunków i ich znaczny zasięg geograficzny oraz przede wszystkim fakt, że kształt elementów konodontowych zmieniał się bardzo szybko w czasie ewolucji sprawiły, że są one używane jako główne skamieniałości przewodnie w okresie od ordowiku do końca triasu.

Konodonty zostały odkryte przez Christiana Pandera w 1856 r. w skałach ordowickich Estonii, Łotwy i okolic Petersburga. Później znaleziono je m.in. w wapieniach Alp Wschodnich. W Polsce znane są m.in. z Tatr Zachodnich, gdzie w rejonie Doliny Chochołowskiej występują w wapieniach rogowcowych anizyku, zaliczanych do tzw. jednostki FurkaskiPassendorfer Edward: Jak powstały Tatry, wyd. V uzupełnione, Wydawnictwa Geologiczne, Warszawa 1975, s. 95–96.. Znalezione zostały również w Sudetach w Żdanowie i okolicach (Góry Bardzkie).