Andrzej Pelczar, a do końca doprowadził prof. Franciszek Ziejka). Jako rektor i poseł na Sejm w latach 1985–1989 prof. Józef Andrzej Gierowski walczył o jak najszerszą autonomię szkół wyższych. W latach 1986–1989 był również członkiem Rady Konsultacyjnej przy Przewodniczącym Rady Państwa oraz Ogólnopolskiego Komitetu Grunwaldzkiego.
W 1986 założył na UJ pierwszy w Polsce Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce podniesiony później do rangi Katedry Judaistyki. W 1989 został członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. 27 marca 1990 został wybrany dyrektorem Wydziału II Filozoficzno-Historycznego PAU. W latach 1991–1995 wchodził w skład Rady do spraw stosunków polsko-żydowskich przy Prezydencie RP. W 1993 został przewodniczącym Rady Fundacji Judaica. Od tego samego roku uczestniczył w pracach Głównej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Od 2018 jest jednym z patronów Nagrody im. Józefa A. Gierowskiego i Chonego Shmeruka.
Odznaczenia i nagrody Odznaczony, m.in.