W 2000 roku został mianowany przez swojego byłego dowódcę, Ehuda Baraka, dyrektorem Szabaku. Działo się to podczas tzw. intifady Al-Aksa. Dichter był zdecydowanym zwolennikiem likwidowania kolejnych przywódców organizacji terrorystycznych za pomocą rakietowych uderzeń ze śmigłowców. Był też jednym z głównych pomysłodawców wybudowania bariery odgradzającej Izrael od Zachodniego Brzegu.
15 maja 2005 roku Dichter zakończył swoją pięcioletnią kadencję na stanowisku szefa Szabaku. Jego miejsce zajął jego zastępca, Juwal Diskin. Pojawiły się przypuszczenia, iż nie został na drugą kadencję, ponieważ sprzeciwiał się planom premiera Ariela Szarona wycofania żydowskich osadników ze Strefy Gazy. Jednak po powrocie z trzymiesięcznego pobytu w USA, Dichter poparł plan Szarona i oświadczył iż przyłącza się do jego nowo powstałego ugrupowania, Kadimy. Został wybrany do Knesetu w wyborach z 28 marca 2006 roku, a 4 maja 2006 roku otrzymał tekę ministra bezpieczeństwa wewnętrznego w rządzie Ehuda Olmerta.
16 sierpnia 2012 zrezygnował z zasiadanie w Knesecie, mandat objął po nim Ahmad Zabbah.
Do Knesetu powrócił po wyborach w 2015.