Alternacja – w dziedzinie fonetyki oznacza oboczność tematu lub rdzenia wyrazu, czyli wymianę głosek fonetycznie różnych, lecz pokrewnych pod względem etymologicznym (np. stół – stole, dwór – dworze, grób – grobie).
W niektórych językach alternacja pełni funkcję uściślania znaczenia wyrazów. Typowym przykładem są tu języki semickie, w których nośnikiem znaczenia wyrazu jest rdzeń trójspółgłoskowy, określający pole semantyczne wyrazu. Wstawianie określonych samogłosek, a także przyrostków, przedrostków i międzyrostków, zmienia znaczenie wyrazu w obrębie danego pola. Dla przykładu, w języku arabskim rdzeń d-r-s oznacza uczenie się, a przez alternację samogłosek otrzymujemy następujące wyrazy:
(dars): lekcja (adrus): uczę się (mudarris): nauczyciel (madrasa): szkoła (zob. medresa).
W językach berberyjskich występują rdzenie dwuspółgłoskowe, na przykład w języku kabylskim: rdzeń f-g oznacza latanie : leć! : lot : odleciał.
Języki stosujące alternację do rozróżniania znaczenia wyrazu nazywane są językami alternacyjnymi.