Pod wpływem swoich opiekunów Katarzyny i Aschama Elżbieta została wychowana jako protestantka.
Tak długo, jak jej przyrodni brat – protestant – pozostawał na tronie, ona sama była bezpieczna. Edward jednak od urodzenia był dzieckiem bardzo chorowitym, co nie dawało mu perspektyw na długie rządzenie krajem. Umarł w 1553 roku w wieku 15 lat i od tego momentu zaczęły się trudne dni dla młodej Elżbiety.
Niezgodnie z Aktem sukcesyjnym zarówno Maria, jak i Elżbieta zostały wykluczone z dziedziczenia, a Jane Grey ogłoszona dziedziczką tronu. Zawiązał się w tym czasie spisek z udziałem Johna Dudleya, 1. księcia Northumberland, którego syn Guildford był żonaty z Lady Jane. Spisek mający na celu wsparcie młodej królowej został jednak wykryty, a sama Jane usunięta z tronu 9 dni później i ścięta. Sprawczynią tego zamieszania była Maria, prawowita następczyni tronu, która po tych wydarzeniach wjechała triumfalnie do Londynu razem ze swoją przyrodnią siostrą Elżbietą.
Maria I Tudor doprowadziła do zawarcia przez siebie małżeństwa z królem Hiszpanii – Filipem II, mając nadzieję na wzmocnienie katolicyzmu w Anglii. Powstanie Wyatta (Wyatt's Rebellion), które wybuchło w 1554 r., miało na celu zapobieżenie temu małżeństwu.