Dzieje rodu Wczesna historia Etymologia nazwiska Borja wywodzi się z położonego obok Saragossy miasteczka Borja, od którego członkowie rodu wzięli swoje nazwisko, co było wówczas dosyć częstą praktykąG. J. Meyer: Borgiowie: historia nieznana str. 21.
Pierwsze przekazy na temat tej rodziny pochodzą z 1238 roku kiedy to król Aragonii i Majorki Jakub I Zdobywca wyparł z okolic Walencji muzułmanów, a wśród jego żołnierzy znajdowało się ośmiu Borgiów pochodzących z rodu zamieszkującego wcześniej te ziemie i to właśnie im powierzono zadanie podzielenia zdobytych terenów na lenna, na których miano osadzić zasłużonych ludzi króla. Prawdopodobnie wówczas nadano Borgiom miasto Xàtivę i okoliczne ziemie, które przez wieki stanowiły najważniejsze lenno rodziny w Królestwie Walencji.
Kilkadziesiąt lat później ród podzielił się na trzy gałęzie – Llançol de Borja, Cavanilles de Borja i Gil de Borja, których członkowie zawierali niekiedy między sobą małżeństwa Pochodzenie Borgiów (es.).