Zbiory liczą ponad 84 tysiące zabytków i związane są z polską kulturą (folklor, sztuka, życie codzienne...) jak i z innymi kulturami Europy i Świata.
Status prawny i struktura organizacyjna Muzeum Muzeum działa w oparciu o ustawę o muzeachUstawa z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach (), ustawę o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnejUstawa z dnia 25 października 1991 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej () oraz statut Muzeum Etnograficzne im. Seweryna Udzieli w Krakowie nadany uchwałą nr LXII/903/22 Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 28 grudnia 2022 rokuStatut Muzeum Etnograficzne im. Seweryna Udzieli w Krakowie. Zgodnie ze statutem muzeum jest samorządową instytucją kultury, wyodrębnioną pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym, której organizatorem jest Samorząd Województwa Małopolskiego.
Strukturę Muzeum Etnograficznego im. Seweryna Udzieli w Krakowie tworzą Działy Muzeum: Dział Wydarzeń Kulturalnych, Promocji i Marketingu Dział Edukacji Dział Zasobów Cyfrowych i Upowszechniania Dział Muzealiów Dział Dokumentacji Etnograficznej Dział Inwentaryzacji Dział Konserwacji Biblioteka Dział Księgowości Stanowisko ds.