Spółka współpracuje także z innymi przewoźnikami w zakresie: wzajemnej sprzedaży biletów, bieżącej informacji pasażerskiej oraz obsługi technicznej taboru. Od 2019 roku Spółka rozwija komercyjny segment działalności pod nową nazwą superREGIO. Pociągi sR kursują obecnie pomiędzy Krakowem/Katowicami i Zatorem oraz Ostrowcem Świętokrzyskim i Wrocławiem. mały|EN57-2044 w firmowym malowaniu POLREGIO. mały|Tabor w malowaniu przewoźnika z firmowym logo na boku.
Struktura właścicielska 22 grudnia 2008 wszystkie udziały należące dotąd do PKP S.A. zostały przeniesione na Skarb Państwa i mocą ustawy, w tym samym dniu, na rzecz samorządów województw.
Liczba udziałów poszczególnych samorządów województw w kapitale zakładowym Przewozy Regionalne na dzień 29 października 2010: Województwo Liczba udziałów % udziałów dolnośląskie 112 464 7,3% kujawsko-pomorskie 89 355 5,8% lubelskie 84 733 5,5% lubuskie 55 462 3,6% łódzkie 87 815 5,7% małopolskie 98 599 6,4% mazowieckie 207 982 13,5% opolskie 52 381 3,4% podkarpackie 75 490 4,9% podlaskie 58 543 3,8% pomorskie 109 383 7,1% śląskie 141 735 9,2% świętokrzyskie 46 218 3,0% warmińsko-mazurskie 81 652 5,3% wielkopolskie 149 439 9,7% zachodniopomorskie 89 355 5,8%