Pierwsze lata Muhammad Ali urodził się w miejscowości Kawala, leżącej w północnej Grecji, na granicy z Macedonią, a wchodzącej w skład imperium osmańskiego. Jego ojciec był agą policji. Muhammad wcześnie został sierotą. Opiekujący się nim wujowie nauczyli go przede wszystkim żołnierki. W wieku 18 lat ożenił się z krewną gubernatora Kawali. Nie była ona jego jedyną kobietą (później posiadał wiele nałożnic, z którymi podobno miał aż 90 dzieci).
W młodości utrzymywał się z handlu tytoniem. Następnie został oficerem w armii osmańskiej. W 1799 roku został zastępcą dowódcy 300-osobowego oddziału skierowanego pod Abukir, gdzie doszło do bitwy z Francuzami. Po tej potyczce Muhammad został dowódcą wydzielonego oddziału, a dwa lata później generalnym dowódcą sił albańskich walczących dla imperium.
W stronę imperium W 1798 roku Napoleon Bonaparte zaatakował należący do Turcji Egipt. Pokonał mameluków w bitwie pod piramidami. W 1799 roku jednak francuska armia wycofała się z Afryki zostawiając jedynie kilka oddziałów okupacyjnych, których resztki dokonały odwrotu w dwa lata później. Sułtan wysłał w celu odbicia Egiptu zbrojną ekspedycję, jednak narodowościowe i polityczne podziały wewnątrz armii uniemożliwiały skuteczne działanie.