Decyzją sułtana dowódca wojsk albańskich został mianowany w 1806 roku paszą Egiptu.
Stambuł wyraził zgodę, by Muhammad zarządzał terytorium, co ten uznał za swój sukces, ponieważ mógł teraz poświęcić się odbijaniu kolejnych części Dolnego Egiptu i całego Górnego będącego w rękach mameluków podzielonych na dwa duże obozy. Wiedział, że oficjalnie Turcja nie zaatakuje go jako swego wasala, gdyż byłoby to zaprzeczeniem poprzedniej decyzji o przyznaniu mu władzy.
Walka o utrzymanie stabilności Egiptu Wielka Brytania i Francja wspierały nie Muhammada, lecz mameluków. Co ważniejsze, każde z tych państw wspierało oddzielną, skonfliktowaną z innymi frakcję. W ten sposób mamelucy i ich europejscy sojusznicy nie mogli połączyć sił przeciwko albańskiemu przywódcy. W marcu 1807 roku Brytyjczycy zajęli Aleksandrię, tłumacząc się pomocą w zakończeniu wojny domowej. Po zerwaniu postanowień pokojowych z Amiens Francuzi i Anglicy znaleźli się po przeciwnych stronach barykady. Chcąc uprzedzić możliwy atak francuski na Egipt, Brytyjczycy uczynili to pierwsi.