Ćišinski w 1896 został zmuszony przez niemieckie władze kościelne do wyjazdu do klasztoru w Zákupach w ramach pokuty. Od tego momentu jako ksiądz znajdował się (z powodu swojego zaangażowania dla sprawy serbołużyckiej oraz niezależności artystycznej) w ciągłym konflikcie z Kościołem katolickim. Po odbyciu pokuty został przeniesiony do położonego na terenie niemieckojęzycznym miasta Chemnitz. Później jeszcze wielokrotnie był szykanowany z powodu swojej działalności, m.in. w 1901, kiedy to przymusowo skierowano go do sanatorium w Waldernbach - jako rzekomego alkoholika. Jednak w tym samym roku nastąpił niejaki przełom - Bat został awansowany na administratora parafii Radebergu, skąd mógł znów kontaktować się ze swoimi rodakami.
W 1903 kuria biskupia zdecydowała o przedwczesnym odejściu Barta w stan spoczynku. Ta decyzja mogła być podyktowana sympatiami politycznymi księdza oraz przychylnym stosunkiem do robotników i ich ideologii. Nieskrępowany ograniczeniami władz kościoła Ćišinski mógł wrócić teraz bez przeszkód na rodzinną ziemię. Zamieszkał najpierw w Kukowie a potem w Pančicy, gdzie w pełni poświęcił się działalności narodowej.