Wraz z likwidacją przez PKP w latach 90. XX wieku połączeń lokalnych na liniach niezelektryfikowanych oraz zastępowanie w ruchu regionalnym klasycznych składów pociągów autobusami szynowymi posiadanie na inwentarzu lokomotyw SP42 okazało się zbędne. W późniejszych latach liczba sprawnych lokomotyw SP42 zaczęła gwałtownie spadać. W 1993 roku dwie lokomotywy SP42 o numerach 249 i 263 zostały przenumerowane na serię SM42 otrzymując numery 011 i 012 w miejsce wcześniej skreślonych maszyn. W listopadzie 1999 roku za pośrednictwem ZNTK Nowy Sącz rozpoczęto modernizacje lokomotyw serii SP42, począwszy od gdyńskiej SP42-085, w której wymieniono kocioł parowy WB-5 na agregat prądotwórczy. Zastosowano silnik wysokoprężny Caterpillar typu CAT3208 o mocy 180 kW napędzający trójfazową prądnicę synchroniczną z układem prostownikowym dostarczającą prąd o napięciu 3 kV do ogrzewania wagonów. Lokomotywa otrzymała nowe oznaczenie SU42-501. Pod koniec 1999 roku przebudowana została również wrocławska SP42-049 na SU42-502, a w 2000 roku na serię SU42 przebudowano 38 lokomotyw serii SP42.