Istotną rolę w powołaniu Komisji, a następnie w ułatwianiu plemionom kierowania do niej skarg, odegrał utworzony w 1944 roku Krajowy Kongres Indian Amerykańskich (NCAI).
Komisja Roszczeń Indiańskich nie miała prawa zwracania Indianom ziem odebranych im z naruszeniem zawartych z plemionami traktatów i amerykańskiego prawa, mogła jedynie nakazać wypłacenie plemionom odszkodowania. Podstawą do jego wyliczenia była rynkowa wartość ziemi w momencie jej utracenia przez Indian, powiększona o ustawowe odsetki. Powodowało to częste skargi Indian na niekorzystną ich zdaniem wycenę wartości utraconych ziem, a także przypadki odmowy przyjęcia finansowej rekompensaty zgodnie z wyznawaną przez niektóre bardziej tradycyjne plemiona zasadą, iż ziemia nie jest na sprzedaż (jak w przypadku sprawy Gór Czarnych (ang. Black Hills)).
Przyznane plemionom odszkodowania deponowane były na specjalnych oprocentowanych rachunkach Departamentu Skarbu do czasu podjęcia przez Kongres decyzji o sposobie dystrybucji pieniędzy wśród uprawnionych członków plemienia. Wcześniej Biuro do Spraw Indian zatwierdzało lub odrzucało decyzje plemion o sposobie podziału pieniędzy.