Jeszcze w 9 miesięcy po wybuchu specjalny zwiad badaczy holenderskich nie znalazł na wyspie Rakata żadnego śladu życia(jpr): Eksperyment „Krakatau”, [w:] „Poznaj Świat” R. IX, nr 3 (100), marzec 1961, s. 40.. Od maja 1884 francuska ekspedycja naukowa rozpoczęła poszukiwanie życia na Rakacie. Odkryto tylko jednego pająka o bardzo małych rozmiarach. Wkrótce jednak, niesione wiatrem lub drogą wodną, zaczęły się dostawać na wyspę nasiona roślin. Drogą wodną do brzegów wyspy zaczęły się przedostawać kraby. Około 1899 z pobliskich wysp przedostał się waran paskowany (Varanus salvator), a nieco później pyton siatkowy (Python reticulatus).
Również w latach 80. XIX w. biolodzy wykazali, że Rakata i Anak Krakatau są systematycznie zasiedlane przez rozmaite gatunki stawonogów wchodzących w skład aeroplanktonu. Stwierdzono obecność 72 gatunków. W kolejnych latach wyspy były kolonizowane przez różne grupy roślin i zwierząt, przy czym kolejność ich pojawiania się była przypadkowa. W 1928 r., a więc po 45 latach od wybuchu, wyspa była znów pokryta bujną roślinnością: stwierdzono prawie 300 gatunków roślin zielnych, drzew i krzewów. Stwierdzono również obecność 305 gatunków bezkręgowców oraz 43 gatunków kręgowców. Oszacowano, że 90% tej fauny przedostało się na wyspę drogą powietrzną (ptaki, nietoperze i większość owadów).