Wokół największych kraterów rozchodzą się koncentryczne pierścienie, w ich centrach znajdują się jasne obszary o strukturze zatartej przez procesy geologiczne, tzw. palimpsesty.
Kallisto ma najciemniejszą powierzchnię spośród księżyców galileuszowych, odbija tylko ok. 17% światła słonecznego.
Na powierzchni nie ma większych łańcuchów górskich, ani śladów aktywności tektonicznej. Pod grubą na ok. 200 km skorupą lodową najprawdopodobniej znajduje się ocean słonej wody – warstwa ok. 10 km. Dowodem istnienia pod skorupą Kallisto oceanu wodnego jest jego słabe pole magnetyczne o zmiennym natężeniu. Słona woda przewodzi ładunki elektryczne, które indukują owo pole.
Istnienie oceanu pod powierzchnią Kallisto oraz morskiego życia jest kwestią otwartą.
W głębi księżyca znajduje się mieszanka krzemianów (60%) z wodą (40%), przy czym im głębiej tym więcej krzemianów. W odróżnieniu od pozostałych księżyców galileuszowych, Kallisto wydaje się nie mieć wnętrza zróżnicowanego na jądro i płaszcz.
Atmosfera Obserwacje sondy Galileo wskazują na istnienie bardzo rzadkiej atmosfery, składającej się z dwutlenku węgla i molekularnego tlenu.