Pierwsze działania emigracyjnych struktur banku skoncentrowane były na bezpiecznym umieszczeniu środków BGK na rachunkach bankowych w krajach nieobjętych wojną. Środki te, w wysokości ok. 10 mln zł, ulokowane były głównie w bankach USA, Wielkiej Brytanii i Szwecji. Przelania tych środków na rachunek BGK domagało się również pod wpływem nacisków Niemców krajowe kierownictwo banku. We wrześniu 1941 r. premier Rządu RP na Uchodźstwie odwołuje gen. Romana Góreckiego ze stanowiska prezesa BGK. Nowym prezesem ze względów proceduralnych w 1943 r. został Karol Aleksandrowicz.
BGK w okupowanej Polsce W miastach, które znalazły się na terenach zajętych przez Sowietów, oddziały BGK zlikwidowano. Na terenach przyłączonych do III Rzeszy oddziały BGK, podobnie jak oddziały innych polskich państwowych banków, postawiono w stan likwidacji. W Generalnym Gubernatorstwie centrala BGK oraz niezależnie od niej oddziały wraz z częścią przedwojennych pracowników funkcjonowały w ograniczonym zakresie, pod niemieckim kierownictwem. W październiku 1939 r. pracownicy centrali BGK założyli spółdzielnię pracy „Spólnota”, której celem była finansowa pomoc dla bezrobotnych pracowników BGK oraz działalność konspiracyjna, za którą wielu członków spółdzielni zapłaciło karą śmierci.