sezon ten upłynął jej pod znakiem licznych urazów i spowodował wypadnięcie Mirzy z grona stu najlepszych zawodniczek świata. Jednocześnie oznajmiła mediom, że zaczynając od imprezy Bangalore Open 2008 nie będzie już więcej startowała w turniejach na terenie Indii, za powód podając wynikające z tego liczne kontrowersje i problemyMirza boycotts Indian tournaments..
W lutym 2009 została finalistką w Pattaya i z powrotem znalazła się w czołowej setce klasyfikacji światowejVera Zvonareva beats Sania Mirza to win PTT Pattaya Open title.. Następny ważniejszy wynik – półfinał – odnotowała jednak dopiero latem w brytyjskim Birmingham. Nie udało się jej wygrać z Magdaleną Rybarikovą. Ponownie zaczęła występować w zawodach rangi ITF, ale na koniec roku przedostała się półfinału rozgrywek WTA w Osace, gdzie wyeliminowała Szachar Pe’er i Marion Bartoli. Niemalże przez cały rok 2010 zmagała się z kontuzjami, a przy okazji wzięła ślub z pakistańskim krykiecistą Shoaibem Malikiem i na dłuższy czas zniknęła z aren tenisowych. Tym niemniej, jej osoba wzbudziła duże zainteresowanie mediów, głównie z powodu zawirowań w życiu uczuciowym.