Nauczanie Podczas pobytu w górskim kraju podstawowym zadaniem Atiśy było przekazanie właściwej wykładni tekstów i praktyk tantrycznych. Z powodu zaniku ortodoksyjnego monastycyzmu rytuały buddyjskie uległy tu znacznej deformacji, a odpowiedzialni za ten stan rzeczy tzw. „mnisi-rabusie” (Wylie: ar-tsho bande, a-ra-mo ban-dhe) pod pozorem praktyk tantrycznych potrafili porywać i zabijać współziomków, pić alkohol oraz wchodzić w relacje intymne z kobietami. Sytuacja ta bardzo niepokoiła miejscowe władze oraz tych zakonników, którzy niedawno powrócili z regionów peryferyjnych. Tak dosłownie praktykowana tantra oznaczała bowiem brak właściwego zrozumienia, a podejmujące ją osoby, szukały najprawdopodobniej sposobu na zaspokojenie własnych pragnień (co ma niewiele wspólnego z buddyzmem).
Pierwszą zdecydowaną reakcją na ten stan rzeczy był traktat wspomnianego już Rinczen Zangpo pt. „Obalenie fałszywych tantr” (Wylie: sNags log sun 'byin). Jego przesłanie wzmacniały prace Atiśy, zgodnie z którymi praktyki tantryczne mają znaczenie głównie ezoteryczne (niedosłowne), a niektóre rozumiane dosłownie kłócą się ze ślubami czystości (tzn. że nie powinny być podejmowane przez mnichów).