Wojnę zakończył w stopniu pułkownika.

Od 21 sierpnia 1945 do 1947 zastępca dowódcy 2. Warszawskiej Dywizji Pancernej w składzie 2. Korpusu Polskich Sił Zbrojnych. W lipcu 1947 powrócił do Polski, został wykładowcą w Akademii Sztabu Generalnego. W kwietniu 1951 aresztowany przez organa Informacji Wojskowej. Zarzucono mu udział w organizacji konspiracyjnej w wojsku, w ramach której znalazł się w Akademii Sztabu Generalnego. Zdaniem śledczych miał go zwerbować Stanisław Tatar. Po aresztowaniu grupy generałów (S. Tatara, Franciszka Hermana, Jerzego Kirchmayera i Stefana Mossora) miał wejść do tzw. nowego kierownictwa konspiracji wojskowej jako zastępca gen. Heliodora Cepy. Był sądzony razem ze Stefanem Biernackim, Adamem Jaworskim, Apoloniuszem Zawilskim i Kornelem Dobrowolskim, a 28 kwietnia 1952 skazany wyrokiem Najwyższego Sądu Wojskowego na karę śmierci za zdradę ojczyzny (przewodniczącym składu sędziowskiego był Wilhelm Świątkowski, w jego składzie byli także Feliks Aspis i Teofil Karczmarz, oskarżał Stanisław Zarakowski). 19 listopada 1952 Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski, ale wstrzymał wykonanie kary śmierci, co było związane z wykorzystaniem Skibińskiego jako świadka w innych procesach dotyczących „spisku w wojsku”.