W połowie 1998 roku wytyczono granicę między siłami rządowymi a zapatystami. Od tego czasu EZLN częściowo zdemobilizowała się. W lutym 2001 roku członkowie ruchu apelowali w Kongresie o realną autonomię dla ludności tubylczej. W kwietniu tego samego roku wprowadzono ustawę dotyczącą uznania praw Indian. Nie spełniła ona jednak oczekiwań zapatystów. Rozczarowani zapatyści zdecydowali się na wprowadzenie porozumień z San Andrés metodą faktów dokonanych. Równocześnie zawiesili oni rozmowy z rządem i odrzucili władzę państwa. EZLN utworzył strefy autonomiczne, które de facto uznane zostały przez rząd. Pod faktyczną władzą EZLN znalazło się około 100 tysięcy ludzi. right|thumb|290px|Marsz aktywistów EZLN w 2012 roku Do dzisiaj trwają walki pomiędzy zapatystami a siłami paramilitarnymi wspieranymi przez lokalną administrację. Od 1994 roku w konflikcie w Chiapas ginie około 100 osób rocznie.
Ruch formalnie nie posiada przywódcy. Za nieformalnego lidera EZLN uchodził Rafael Guillén Vicente znany szerzej pod pseudonimem Subcomandante Marcos, a od 2014 roku funkcjonujący jako Subcomandante Galeano. W 2013 roku Marcos przekazał władzę nad EZLN Subcomandante Moisésowi.
Ideologia Początkowo miała charakter marksistowski, obecnie doktryna EZLN jest synkretyczną mieszanką socjalizmu, teologii wyzwolenia i wolnościowego municypalizmu.