Obecna wystawa stała, zatytułowana „Kraków od początku, bez końca”, miała swoją inaugurację 18 grudnia 2021 roku.
Od początku swojego istnienia Muzeum dba o kultywowanie lokalnych tradycji, takich jak Lajkonik, bractwo kurkowe czy szopki krakowskie (od 1946 roku jest organizatorem konkursu szopek krakowskich).
W 2020 odznaczone Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”, w dziedzinie muzealnictwo.
Dyrektorzy Jerzy Dobrzycki (1946–1964) Stanisław Czerpak (1964–1974) Sławomir Wojak (1974–1984) Andrzej Szczygieł (1984–2003) Michał Niezabitowski (od 2004; )
Oddziały Muzeum Pałac Krzysztofory (wystawa stała „Kraków od początku, bez końca”) Wieża Ratuszowa Fabryka Emalia Oskara Schindlera (wystawa stała „Kraków – czas okupacji 1939–1945”) Apteka Pod Orłem (wystawa stała „Apteka Tadeusza Pankiewicza w getcie krakowskich”) Ulica Pomorska (wystawa stała „Krakowianie wobec terroru 1939–1945–1956”) Rynek Podziemny Synagoga Stara (wystawa stała „Dzieje i kultura Żydów krakowskich”) Rydlówka Celestat (wystawa stała „Dzieje Krakowskiego Bractwa Kurkowego i obronność miejska”) Barbakan Mury Obronne Kamienica Hipolitów (wystawa stała „Dom mieszczański”) Muzeum Nowej Huty z filią Podziemna Nowa Huta Muzeum Podgórza (wystawa stała „Miasto pod kopcem Kraka”) Dom Zwierzyniecki Thesaurus Cracoviensis Muzeum Ruchu