Nie wiadomo, czy doszło do wyrzucenia Żydów z miasta, ale raczej jest to wątpliwe, ponieważ już w 1532 roku uzyskali oni przywilej podróżowania na targi do Brandenburgii.
6 stycznia 1641 roku skwierzyńscy mieszczanie zawarli umowę z Żydami, uzgadniając ich obowiązki i świadczenia, m.in. ograniczając rodzaje zawodów, jakie mogli wykonywać. Umowę zatwierdził sam król polski Władysław IV.
Po II rozbiorze Polski, Skwierzyna znalazła się w granicach Prus. Nie zmieniło to za bardzo stosunków w samym mieście, ponieważ np. w 1793 roku zamieszkiwało je 1431 ewangelików, 117 katolików i 720 żydów. Na skwierzyńską gminę żydowską silny wpływ w owym czasie wywierała tzw. haskala, czyli oświecenie żydowskie, co zaowocowało wieloma słynnymi przedstawicielami owego prądu umysłowego, którzy nauczali w tym niewielkim mieście. Byli to m.in.: thumb|Jeden z nagrobków ze skwierzyńskiego kirkutu. Mordechaj ben Meier ha-Kohen (działał w Skwierzynie ok. 1710 roku), Ibi Hirsch z Pragi (1763), Josua Spira z Frankfurtu nad Odrą (1771), Hirsch Aron London (działał w latach 1777–1790), prof. Gassel Simon ben Israel (zm. ok. 1712), Eliakim ha-Kohen Schwerin Götz (1760–1845), naczelny rabbi Węgier Jonathan Alexandersohn (rabin w Skwierzynie ok. 1830 roku).