Pod wodzą Bajevićia AEK przeszedł rundę kwalifikacyjną do Ligi Mistrzów 2002, eliminując APOEL Nikozja. Grecy znaleźli się w grupie A, razem z Romą, Realem Madryt i Racingiem Genk. Zremisowali wszystkie mecze, więc nie awansowali dalej.
Transfery Nikosa Lyberopoulosa i Cypryjczyka Janisa Okasa do klubu poprawiły sytuację boiskową zespołu, w przeciwieństwie do problemów finansowych, które ciągle narastały.
Kiepska gra na boisku była nieporównywalna do tego, co działo się poza nim. Po zdemolowaniu stadionu Nikosa Goumasa, prezes Chrysostomos Psomiadis (wraz ze swoimi ochroniarzami) miał rzekomo nastraszyć kapitana zespołu Demisa Nikolaidisa (który coraz częściej był podobno widywany w nocnych klubach).
Po tym wydarzeniu, także z powodów finansowych, Nikolaidis został sprzedany do Atlético Madryt. Także Bajević nie znalazł porozumienia z kibicami i zrezygnował w roku 2004.