W czasie zaborów Austriacy wycięli stary drzewostan, sadząc na to miejsce szybko rosnący las sosnowy. Ogromne spustoszenia w drzewostanie puszczy poczynili również Niemcy, którzy drewno z puszczy wysyłali na fronty II wojny światowej. Okres II wojny światowej zaznaczył się walkami na tych terenach, najpierw żołnierzy września 1939 r., a potem oddziałów partyzanckich. Wojna pozostawiła też po sobie mogiły żołnierzy polskich oraz zamordowanych Żydów z Bochni i Niepołomic. Puszcza była miejscem masowych egzekucji dokonanych przez Niemców w czasie wojny. Miejsca te upamiętniono pomnikami i cmentarzami. W puszczy można znaleźć cmentarze wojenne, jeden z nich zlokalizowany jest „na Sitowcu”. Mieści on wspólną kwaterę z grobami żołnierzy i partyzantów poległych w latach 1939–1945. W Poszynie znajdują się mogiły polskich żołnierzy, którzy polegli 10 września 1939, gdy 5 Pułk Strzelców Podhalańskich został otoczony przez przeważające siły niemieckie.