Konstruowano głosy naśladujące barwę brzmienia instrumentów aerofonicznych takich jak piszczałka, różne rodzaje fletu (nazywane ogólnie Pryncypałami), kozi róg (Gemshorn), szałamaja (Rauschpfeife), cynk (Zink), a także innych: cymbały (Cymbel), ksylofon (Hultze Glechter).
W wyniku ciągłego ulepszania mechaniki systemu przenoszenia ruchu pomiędzy klawiszami a zaworami sterującymi piszczałkami (traktury) uległ zmniejszeniu fizyczny trud gry. Możliwe stało się granie palcami, a nie, jak dotychczas, całymi dłońmi. W wieku XV wprowadzono wydajniejsze miechy. W tym samym czasie udoskonalono budowę wiatrownicy, wprowadzając przyrząd umożliwiający otwieranie bądź zamykanie dopływu powietrza do piszczałek konkretnego głosu. Zaczęto powiększać rozmiar i ilość piszczałek – w niektórych mógł czołgać się człowiek (organy z 1451 roku w kaplicy zamku Blois we Francji), a ilość innych dochodziła do 2500 (organy z 1429 w katedrze w Amiens we Francji).
Koniec średniowiecza zaznaczył się rozpowszechnieniem organów na terenie Europy. Nie zachowały się w Polsce żadne organy zbudowane w tym czasie, ale źródła pisane – akta miejskie, umowy, sankcje, kroniki parafialne i klasztorne – potwierdzają ich obecność w XV wieku w Buku, Kaliszu, Krakowie (katedra gotycka i kościół NMP), Radomicku, Rzeszotarach, kościele na Świętym Krzyżu, Toruniu, Włocławku i Wolbromiu.
Renesans
thumb|Organy z 1511 w kościele św. Wawrzyńca w Alkmaar, Holandia