Na ścianie wschodniej, po obu stronach Aron ha-kodesz zachowały się dwie małe tablice z czytelnymi inskrypcjami z porządku błogosławieństwa kapłańskiego, a po prawej przedstawienie menora, która namalowano prawdopodobnie w połowie XVII w. Po lewej stronie dawniej znajdowało się dwanaście chlebów pokładnych, które symbolizowały 12 plemion Izraela. W synagodze Izaaka zachowały się nieliczne w Polsce polichromie Babińca, które fundowały zamożne kobiety. Na dłuższych ścianach sali głównej występuje artykulacja zdwojonymi pilastrami, które wspierają łęki sklepienne.
W centrum ściany wschodniej znajduje się zrekonstruowany w latach 1994–1995 wczesnobarokowy Aron ha-kodesz, który zwieńczony jest wypukłymi tablicami Dekalogu, które nakryte są koroną oraz pozostałościami pomarańczowej kotary. Dawniej arka poprzedzona była kamiennymi schodami zamkniętymi bogato zdobioną, metalową bramką. Na środku znajdowała się kuta bima w kształcie baldachimu, będąca kopią bimy z Synagogi Starej. Fundamenty obu tych elementów zostały w synagodze specjalnie zaznaczone.