W czerwcu 2000 roku ostatecznie zakończono proces rewaloryzacji synagogi, który uwieczniła tablica pamiątkowa w jej wnętrzu oraz gwiazda Dawida zawieszona na ryzalicie fasady.
W kwietniu 2000 roku na synagodze nieznani sprawcy wymalowali faszystowskie hasła oraz wizerunki swastyki i gwiazdy Dawida na szubienicyNigdy Więcej – Stowarzyszenie Antyfaszystowskie. Katalog wypadków, rok 2000.. Podobna sytuacja miała miejsce 13 czerwca 2004 roku, kiedy to nieznani sprawcy pomalowali synagogę i okoliczne kamienice napisami i wizerunkami o podobnym zabarwieniuNieznani sprawcy namalowali faszystowskie hasła na synagodze w Krakowie – gazeta.pl, 15.06.2004 (ostatni dostęp 2004-06-15).. W czerwcu 2002 roku podczas wizyty w Krakowie, książę Karol odwiedził synagogę i spotkał się z krakowską społecznością żydowskąMałgorzata Skowrońska, Książę Karol inwestuje w Krakowie – gazeta.pl, 25.22.2005 (ostatni dostęp 2005-11-28)..
Obecnie synagoga jest czynna, ale nabożeństwa odbywają się w niej tylko kilka razy do roku: w czasie trwania Festiwalu Kultury Żydowskiej, podczas specjalnych okazji czy największych świąt religijnych. Przez wiele lat, szczególnie przed II wojną światową, synagoga była krytykowana przez ortodoksyjną społeczność żydowską uczęszczającą m.in.