Witraże W synagodze znajdują się 43 barwne witraże (20 w sali głównej, 21 na babińcu oraz 2 na klatkach schodowych) o motywach mauretańskich ufundowanych przez członków stowarzyszenia w latach 1894–1909 i 1925 oraz 6 okulusów wypełnionych witrażem z motywem gwiazdy Dawida. Są to jedyne zachowane witraże synagogalne w Polsce. W większości są to kompozycje geometryczno-roślinne. W jednym z witraży wykorzystano kompozycję i motywy fragmentu XVIII-wiecznej polichromii ściennej ze wschodniej ściany drewnianej bożnicy w JabłonowieAndrzej Trzciński, Zachowane wystroje malarskie bożnic w Polsce, Studia Judaica 4: 2001 nr 1-2(7-8) s. 67–95.. Dwa przedstawiają również Świątynię Jerozolimską w postaci Meczetu na Skale. Tylko w przypadku witraża ufundowanego przez Markusa i Reginę Schönfeldów zachowała się sygnatura wykonawcy: Krakowski Zakład Witrażów i Mozaiki „Żeleński”.