W okresie okupacji w latach 1939–1944 po wyjeździe do Rzymu (w porozumieniu z rządem i nuncjuszem apostolskim abp. Filippem Cortesim)S. Wilk, Wyjazd Kardynała Augusta Hlonda z Polski i jego starania o powrót do kraju na początku II wojny światowej, „Seminare” 1(1975), s. 201–230. prymasa kard. Augusta Hlonda we wrześniu 1939, faktyczną głową Kościoła w Polsce był kard. Adam Sapieha. Dwukrotnie zwołał on konferencje plenarne episkopatu Generalnego Gubernatorstwa, które odbyły się w Krakowie 5 maja 1942 i 8 czerwca 1943Nasza przeszłość, t. 38, 1972, s. 244; Chrześcijanin w świecie wyd. 82, 1979, s. 33..
Pomimo sprzeciwu rządu w Londynie, 20 lipca 1945 wrócił z emigracji do Poznania prymas kard. August Hlond. Na mocy uprawnień otrzymanych od Stolicy Apostolskiej 8 sierpnia 1945, kard. August Hlond zorganizował na tzw. Ziemiach Odzyskanych cztery odrębne jednostki administracyjne jako przyszłe diecezje katolickie, oraz mianował pięciu polskich administratorów ad nutum Sanctae Sedis.
Od roku 1963 biskupi pomocniczy otrzymali takie same uprawnienia, jak biskupi diecezjalni.