Po serii niesamowitych powrotów ze stanu 0–3 w meczu z Ryanem Dayem oraz 0–4 z Neilem Robertsonem, Selby nie tylko dotarł do finału, gładko zwyciężając z rewelacją sezonu Markiem Davisem, ale także wygrał całe mistrzostwa, w finale pokonując swojego przyjaciela Shauna Murphy’ego 10–6. Jest to do tej pory najważniejsze trofeum w karierze zawodowej Anglika.
thumb|Selby z trofeum Paul Hunter Classic 2012
W styczniu 2013 roku po raz trzeci w karierze wygrał on turniej Masters, w finale pokonując 10–6 obrońcę tytułu z 2012 roku Neila Robertsona. Tym samym Anglik zwyciężył w drugim po UK Championship turnieju BBC zaliczanym do wielkiej trójki w jednym sezonie (trzecim jest World Championship), czym powtórzył osiągnięcie Marka Williamsa z sezonu 2002/2003. Za zwycięstwa w obu tych turniejach Selby zarobił GBP. Za te osiągnięcia został wybrany przez World Snooker graczem sezonu 2012/2013. Tradycyjnie, słabo spisał się w Mistrzostwach Świata, gdzie przegrał w 2. rundzie, przegrywając 10–13 z Barrym Hawkinsem. W pierwszej rundzie okazał się on lepszy od Matthew Selta, pokonując go 10–4.
Na początku sezonu 2013/2014 zaliczył dwa finały w pierwszym turnieju cyklu Asian Tour oraz drugim turnieju European Tour.