Mokotowo zajmowało wówczas tereny na przedłużeniu obecnej ulicy Mokotowskiej, od okolic placu Unii Lubelskiej i ulicy Polnej, pomiędzy Rakowiecką, Żwirki i Wigury oraz Odyńca, wzdłuż skarpy wiślanej do Szop i Królikarni, i dalej pod skarpą wzdłuż Piaseczyńskiej (zapewne dawnej polnej drogi) do Sobieskiego, a stamtąd Belwederską w górę do placu. Siedlisko wsi pierwotnej mogło zajmować fragment Puławskiej między obecnym Morskim Okiem a Boryszewską lub Dolną. Jeśli zachowane dokumenty z XV w. dotyczące Wierzbna (początkowo Pod wierzbą, Wierzba) opisują rzeczywiście teren na południe od Mokotowa, to wcześnie opustoszało i przed 1773 r. było częścią Mokotowa, jednak bardziej prawdopodobne jest, że wieś o tej nazwie leżała wtedy w pobliżu Liwa.
Prawdopodobnie od reformy agrarnej w XIV w., a być może nawet wcześniej, była to wieś książęca na prawie chełmińskim w systemie trójpolowym. Utrzymywała gród w pobliskim Jazdowie, który stał tam przynajmniej od XIII w. Po spaleniu Jazdowa przez Litwinów w 1262 r. i przeniesieniu siedziby księcia na północ, w XV i XVI w. Mokotowo zaopatrywało w żywność lokalny rynek warszawski.