25 kwietnia 2007 Komisja Odwoławcza PZPN (KO) uchyliła decyzję WD PZPN o zawieszeniu Arki Gdynia i Górnika Łęczna. W związku z tym, moc prawną utraciła również decyzja o przyznanych walkowerach w spotkaniach z udziałem tych drużynpzpn.pl: Komisja Odwoławcza uchyliła kary Arce i Górnikowi. i KL Ekstraklasy SA wyznaczyła nowe terminy spotkań w Orange Ekstraklasie.
25 maja 2007 zarząd Arki i 29 maja zarząd Górnika złożyły do KO PZPN odwołania od decyzji WD PZPN nakładającej na kluby kary degradacji, finansowe oraz odjęcia punktów w następnym sezonie. 31 maja WD zadecydował o nierozpatrywaniu odwołania Arki oraz o niekierowaniu tej sprawy do Piłkarskiego Trybunału Arbitrażowego (organu, który według nowego statutu PZPN zastąpi w kompetencjach rozwiązaną Komisję Odwoławczą) ze względu na fakt, że klub dobrowolnie poddał się wymierzonej przez WD karze.
Nowelizacja przepisów 14 lipca 2006 na wniosek prezesa zarządu Ekstraklasy SA prezydium PZPN zatwierdziło nowy regulamin rozgrywek. Nowy regulamin obejmuje jedynie rozgrywki zawodowej Orange Ekstraklasy (poprzednie przepisy dotyczyły rozgrywek zarówno I, jak i II ligi). Nowelizacja miała na celu uzyskanie większej niezależności ligi od PZPN.