W 1930 roku Ahatanheł Krymski popadł w niełaskę władzy sowieckiej w związku z procesem pokazowym tzw. Związku Wyzwolenia Ukrainy (mistyfikacji OGPU). Został usunięty z funkcji sekretarza Akademii Nauk i praktycznie całkowicie odsunięty od działalności naukowej. Z początkiem II wojny światowej, kiedy Moskwa zaczęła potrzebować specjalistów od spraw Wschodu, został przywrócony do łask i odznaczony Orderem Czerwonego Sztandaru Pracy. Po ataku III Rzeszy na ZSRR władze sowieckie nakazały Krymskiemu ewakuować się na wschód do Ufy. Ten jednak nie wypełnił rozkazu i wyjechał do rodzinnej Zwenihorodki. 20 lipca 1941 został aresztowany przez NKWD. Krymski został oskarżony o działalność antysowiecką i próbę stworzenia burżuazyjnego państwa ukraińskiego. Po aresztowaniu został wywieziony do więzienia NKWD w Kustanaju i tam 25 stycznia 1942 roku zmarł w więziennym szpitalu.
Najważniejsze prace naukowe
Z zakresu historii i kultury państw arabskich seria: „Trudy po vostokovedeniju, izd.