Jezioro Ełckie wymieniane było jeszcze w 1928 roku jako wyjątkowo czyste (oligotroficzne) o bardzo dobrych warunkach tlenowych w hipolimnionie, o czym świadczyło występowanie skorupiaka reliktowego . W 1986 r. stwierdzono przekształcanie jeziora w typ eutroficzny, a w 1991 r. dalsze pogarszanie warunków tlenowych wykazujące na postępujący proces eutrofizacji. Wystąpiło niezwykłe przyśpieszenie eutrofizacji następujące w warunkach naturalnych w okresie tysięcy lat. Od kilku lat jest rekultywowane metodą napowietrzania.
W oparciu o badania przeprowadzone w 2002 roku wody jeziora zaliczono do II klasy czystości.
W 2011 roku prawie wszystkie badane parametry stanu ekologicznego mieściły się w ówczesnych granicach drugiej klasy. Stan ichtiofauny i całego jeziora sklasyfikowano w klasie trzeciej (umiarkowany potencjał ekologiczny). Taką samą klasę jezioro uzyskało za okres 2019–2024. Umiarkowany potencjał ekologiczny wówczas osiągnęła ichtiofauna, fitoplankton i przezroczystość, podczas gdy fitobentos, makrofity i stężenie fosforu ogólnego mieściły się w pierwszej klasie jakości. W 2024 roku w tkankach ryb stwierdzono przekroczenie norm dobrego stanu chemicznego dla PBDE i rtęci.