na listę światowego dziedzictwa kultury i sztuki UNESCO, a efekty prac archeologów można oglądać w muzeum w dawnym klasztorze Wszystkich Świętych w Szafuzie (Museum zu Allerheiligen).
Zamieszkałe przez plemiona celtyckie ziemie podbili w I w. p.n.e. Rzymianie, zakładając osadę Iuliomagus. Około 600 r.n.e. w okolicy Szafuzy osiedlili się germańscy Alamanowie, których najstarsze osiedle znajdowało się na terenie dzisiejszej miejscowości Berslingen.
Do 1522 r. niewielkie państewko ustaliło granice swojego terytorium zbliżone do współczesnego, głównie na zasadzie wykupów ziemi. W 1529 r. rada miejska przegłosowała przejście na protestantyzm za namową proboszcza Sebastiana Hofmeistra. Istniejące klasztory zlikwidowano, a ziemię kościelną przejęto.
W trakcie wojny trzydziestoletniej przez terytorium kantonu przechodziły wojska bawarskie i szwedzkie. W czasie wojen napoleońskich Szafuza wchodziła w skład Republiki Helweckiej (1798-1803) oraz drugiej konfederacji (tzw. okres mediacji Napoleona 1803-14). Wówczas nastąpiła najważniejsza zmiana granic kantonu, w ramach której m.in. przejęto od Zurychu miasteczko Stein am Rhein. W 1839 r. przeprowadzono drobną korektę granicy z Wielkim Księstwem Badenii opierając ją na rzece Wutach.