Pyszniański Potok będący górnym biegiem Kościeliskiego Potoku wypływa ze źródeł na północnych zboczach Kamienistej, leżących na wysokości ok. 1320 m. Największe z tych źródeł ma wydajność kilkanaście l/s i znajduje się w rumoszu skalnym. Głównymi dopływami są: Babi Potok, Dolinczański Potok, Ornaczański Potok, Iwanowski Potok, Tomanowy Potok, Miętusi Potok i Lodowe Źródło. Liczba dopływów jest mniejsza niż w sąsiednim, bliźniaczym Chochołowskim Potoku – wynika to z faktu, że znaczna część skał w zlewni Kościeliskiego Potoku jest podatna na zjawiska krasowe.
Kościeliski Potok przepływa niemal przez wszystkie rodzaje skał budujących Tatry, w jego korycie znajdują się ogromne głazy, niewielkie wodospady i wybite pod nimi głębsze miejsca. W niektórych miejscach potok wyciął w wapiennej skale głębokie koryto, ograniczone z obu stron wysokimi, pionowymi niemal ścianami. Są to tzw. bramy: Wyżnia (Raptawicka Brama), Pośrednia (Brama Kraszewskiego) i Niżnia Kościeliska Brama (Brama Kantaka). Potok zachowuje się na trasie swojego przepływu niecodziennie: ilość płynącej nim wody w miarę oddalania się od źródeł wcale nie wzrasta proporcjonalnie do ilości zasilających go wód powierzchniowych i podwodnych.