W niszach nawy ustawiono figury dziesięciu Apostołów autorstwa snycerza Antoniego Frączkiewicza. Są one uważane za jeden z ciekawszych przykładów krakowskiej plastyki doby baroku. Ten sam artysta wykonał także ołtarz św. Kazimierza pochodzący z 1738 r. Obraz przedstawiający św. Kazimierza namalował Walery Eliasz-Radzikowski w roku 1868. W 1866 roku Walery Eliasz malował też na zlecenie oo. Misjonarzy obraz Matki Boskiej Bolesnej umieszczony w rokokowej ramie relikwiarzowej. Polichromia pokrywająca sklepienia i sufity powstała pod kierunkiem Izydora Jabłońskiego w latach 1862–1864. Z zespołu malarzy współpracujących przy jej wykonaniu należy wymienić: Aleksandra Kotsisa i Walerego Eliasza-Radzikowskiego. Przedstawia ona patronów Polski, Ojców Kościoła i świętych Zgromadzenia Misji.
W klasztorze Misjonarzy przechowywany jest portret króla Stefana Batorego autorstwa nadwornego malarza Marcina Kobera namalowany w 1583 roku, który trafił tutaj z katedry wawelskiej.
W 1960 roku przeprowadzono remont fasady kościoła, uzupełniając ją trójkątnym tympanonem nad częścią środkową oraz attykami nad kaplicami.