20 grudnia wziął udział w VII plenum KC PZPR, na którym Władysław Gomułka został zastąpiony na stanowisku I sekretarza KC PZPR przez Edwarda Gierka.

23 stycznia 1971 został kierownikiem Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (po dymisji ministra Kazimierza Świtały). Tego dnia udał się, na polecenie Edwarda Gierka, do Szczecina, gdzie trwał strajk w Stoczni im. Warskiego. Wszedł do stoczni i rozpoczął pertraktacje z komitetem strajkowym, których rezultatem był przyjazd Edwarda Gierka do stoczni na spotkanie z załogą. Tego samego dnia uczestniczył wraz z Edwardem Gierkiem w spotkaniu z robotnikami Stoczni Gdańskiej im. Lenina. Podczas spotkania, w trakcie którego padło słynne gierkowskie „Pomożecie?”, Franciszek Szlachcic zabrał głos, a mówiąc o niedawnych wydarzeniach na Wybrzeżu, płakał. Od 2 lutego 1971 do 3 stycznia 1972 był ministrem spraw wewnętrznych.

Na VI Nadzwyczajnym Zjeździe PZPR 15 grudnia 1971 został wybrany na członka Biura Politycznego KC oraz został sekretarzem KC odpowiedzialnym za sprawy zagraniczne, kadrowe, oświatę i politykę naukową. Od 1971 do 1973 był faktycznie drugą osobą w państwie. Jego gabinet w gmachu KC znajdował się obok gabinetu I sekretarza.