Przebudowa kadłuba została dokonana w doku pływającym Stoczni Remontowej. Mimo że kadłub był już zbudowany w zasadniczej części, jako datę położenia stępki oficjalnie podano 16 sierpnia 2000 roku, będącą datą połączenia nowej sekcji skrajnika dziobowego z resztą kadłuba. Okręt po przebudowie wodowano 16 listopada 2000 roku. Polską banderę podniesiono na nim i nadano nazwę 1 września 2001 roku w Świnoujściu, w obecności Prezydenta RP Aleksandra Kwaśniewskiego.
Okręt otrzymał nazwę ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki”, na cześć kontradmirała Xawerego Czernickiego. Matką chrzestną była Ewa Czernicka, bratanica patrona okrętu (zamordowanego w 1940 roku w Katyniu, awansowanego pośmiertnie na stopień wiceadmirała w 2007 roku).
Okręt „Kontradmirał X. Czernicki” przeznaczony jest do pełnienia roli okrętu dowodzenia siłami obrony przeciwminowej w narodowych oraz sojuszniczych zespołach okrętów. Możliwe jest to dzięki znacznemu rozbudowaniu systemów łączności i dowodzenia okrętu podczas przebudowy w Stoczni Marynarki Wojennej w Gdyni. Kosztem pomieszczeń dla żołnierzy desantu stworzono m.in. pomieszczenia dla żołnierzy sztabu sił obrony przeciwminowej. Ponadto okręt podtrzymał zdolność zaopatrywania w morzu okrętów w żywność, paliwo i amunicję (spełniając funkcje okrętu zaopatrzeniowego), prowadzenia drobnych remontów i obsługi okrętów.