Oprócz wystaw stałych i sezonowych, w Muzeum prezentowane są także wystawy czasowe. Do najważniejszych w ostatnich latach wystaw przygotowanych przez Muzeum należą: Archeologiczna autostrada – to prezentacja odkryć krakowskich archeologów z badań wykopaliskowych na trasie budowy autostrady A4. Wystawa odwiedziła ponad 20 muzeów w Polsce i na Ukrainie. Ukraina przed wiekami – to wystawa poświęcona prezentacji bogatych zbiorów naszego Muzeum pochodzących z terenów dawnej Rzeczypospolitej, a obecnie Ukrainy. Do tej pory ekspozycja była prezentowana w ponad 10 muzeach polskich. Chrzest 966 – oblicza chrystianizacji – przygotowana na 1050 rocznicę chrztu Polski ekspozycja, poprzez pryzmat zabytków archeologicznych, ale też źródeł historycznych, ikonografii i rozbudowanej scenografii ukazywała powody i skutki tego wydarzenia. Mieszczańska kultura palenia tytoniu. Fajki w nowożytnej tradycji i obyczajowości Krakowa – wystawa poświęcona nowożytnym zabytkom, które ukazano na tle scenografii odtwarzającej miejsca, w których były wykorzystywane. Od kolekcjonerstwa do muzealnictwa. 160-lecie pierwszej wystawy w Muzeum Archeologicznym w Krakowie – wystawa o dwutorowej narracji i scenografii. Odtworzono na niej elementy pierwszej wystawy prahistorycznej w najstarszym polskim muzeum archeologicznym.