W końcu lat 90. zdecydowano się wykorzystać istniejące fundamenty i wznieść hotel, określany roboczo jako Hotel Pielgrzym, według nowego projektu architektów Marka Dziekońskiego (autora rotundy Panoramy Racławickiej) i Anny Bartoszewskiej. Hotel został sfinansowany ze środków Archidiecezji Wrocławskiej i zrealizowany przez Caritas Archidiecezji Wrocławskiej pod kierunkiem ks. prałata Adama Derenia, a generalnym wykonawcą była firma WROBIS S.A.
Lobby zlokalizowane jest w centralnym, przekrytym atrium z przeszklonymi windami, oczkiem wodnym i ogrodem. Do budynku prowadzi wejście ze skomplikowanym systemem ramp, ozdobione herbem Jana Pawła II i herbem papieskim. Kubatura hotelu wynosi 32 tys. m³, a powierzchnia całkowita około 7 200 m².
Hotel został otwarty w 2002 roku i poświęcony przez kard. Angelo Sodano.
Nazwa i odbiór Hotel używa w swojej identyfikacji wizualnej herbu oraz imienia papieża, co – według dziennikarki miesięcznika Architektura-Murator – sprawia, że obiekt „balansuje między memem a powagą, między kiczem postmodernizmu a marką świetnego architekta, między sacrum a profanum”.